כחלק מעבודת מכון המחקר הוחלט על פרויקט אשר מטרתו הסופית היא הוצאה לאור של ארבעה ספרים העוסקים ביהדות אתיופיה. הפרויקט נועד להציג את מורשת יהדות אתיופיה על היבטיה השונים ולאגד תחת קורת גג אחת מבחר מסודר ונגיש של הידע הקיים בנושא. הספרים שיפרסם המרכז יקבצו בתוכם מבחר מאמרים, וכל אחד מהם יוקדש לנושא אחר: היסטוריה, סוגיות חברתיות, דת ותרבות. ספרים אלו מיועדים לקהל רב ומגוון: ראשית, לסטודנטים, חוקרים ואנשי אקדמיה. שנית, לקהל הרחב – הן למי שטרם נחשפו למסורתה של העדה, והן לאלה המעוניינים להכיר אותה יותר לעומק. בעיקר מיועדים הספרים לבני העדה עצמם – ובייחוד הצעירים שבהם – שמורשתם אינה זוכה למקום מרכזי בתוכנית הלימודים הישראלית ובנרטיב הישראלי-ציוני הכללי.
מכון המחקר של המרכז למורשת יהדות אתיופיה הקים בשיתוף עם מרכז עזריאלי ללימודי ישראל (מעל"י), מכון בן-גוריון לחקר ישראל והציונות אוניברסיטת בן-גוריון בנגב קבוצת מחקר שתעסוק בהיסטוריה ובתרבות של יהודי אתיופיה. עמיתי המחקר הם סטודנטים לתארים מתקדמים בשלל מוסדות להשכלה גבוהה ברחבי הארץ. מטרת העל של הקבוצה היא לטפח את הדור הבא של חוקרי יהדות אתיופיה בישראל, והיא מספקת לעמיתי המחקר הזדמנויות למפגש ולהפריה הדדית וכן מפגשים עם חוקרים בכירים מתחומים רלוונטיים.
שיתוף פעולה בין המרכז למורשת יהדות אתיופיה והחוג למקרא באוניברסיטת תל אביב בחקר קריאת האורית ותרגומה על ידי קסים
המרכז למורשת יהדות אתיופיה ו"תופסי האורית" בחוג למקרא באוניברסיטת תל אביב משתפים פעולה במחקר שעוסק בקריאת האורית (תרגום התורה לגעז), תרגומה לאמהרית ופירושה על ידי קסים. מטרת המחקר היא להאיר את דרכי התרגום והפרשנות שמבצעים קסים בני העדה האתיופית בעת הקראת האורית לבני הקהילה. המחקר מוגדר על ידי שני הגופים השותפים בו "פרויקט הצלה" שתכליתו לתעד ולשמר מסורת הולכת ונעלמת.
מכון המחקר של המרכז למורשת יהדות אתיופיה עורך כנסים מדעיים העוסקים בהיסטוריה ובתרבות של יהודי אתיופיה. הכנסים פתוחים לקהל הרחב.